O Bayer Leverkusen já se cruzou em dez ocasiões com equipas portuguesas nas provas da UEFA. Curiosamente, foi o Belenenses, na estreia, em 1988, a assinar o melhor registo, vencendo os dois jogos (ambos por 1-0) com o então detentor da Taça UEFA, que era treinado pelo mítico Rinus Michels. Adão marcou o golo dos azuis no Restelo, o búlgaro Mladenov marcou no Ulrrich Haberland.
Depois, em 1994, foi a épica eliminatória com o Benfica, para os quartos de final da Taça das Taças. Um empate (1-1) na Luz não augurava nada de bom para os encarnados, que no entanto deram à volta à situação em Leverkusen, num memorável 4-4, com golos de Kulkov (2), João Pinto e Abel Xavier, e emoções fortes até ao fim. Na equipa alemã de então, brilhavam jogadores como Ulf Kirsten ou Bernd Schuster, mas o Benfica, além dos nomes citados, tinha também Rui Costa, Isaías, Hélder e Vítor Paneira, entre outros.
Recorde a composição do onze dos encarnados nesse jogo: Neno; Abel Xavier, Hélder, William e Schwarz; Kulkov, Paneira, Rui Costa (Hernâni, 85), Isaías, João Pinto e Yuran (Rui Águas, 89).
Recorde um resumo desse jogo:

Sporting com más recordações
A partir daqui, não são felizes as memórias dos embates portugueses com o Bayer Leverkusen: o Sporting encontrou os alemães por duas vezes na Liga dos Campeões (em 1997/98 e 2000/01), perdendo três dos seus quatro jogos, e conseguindo apenas um empate. Um pouco melhor fez o U. Leiria, na 1ª eliminatória da Taça UEFA, em 2007/08: venceu 3-2 em Portugal, e perdeu 3-1 na Alemanha, ficando pelo caminho.
Saldo dos portugueses com o Leverkusen: 10 jogos, 3 vitórias, 3 empates e 4 derrotas.